introdução

pinturas rupestres na Europa e no norte da África retratam gado selvagem, os auroques (Bos primigenius), entre as presas premiadas dos Caçadores da Idade da Pedra. Esses animais majestosos ficavam quase 2 m na cernelha e tinham chifres de até 1 m de comprimento. Os touros são geralmente mostrados como marrom escuro ou preto com vacas e bezerros marrom avermelhado, embora animais brancos e salpicados também apareçam nas pinturas ( Felius 1985 ). Os auroques se espalharam para fora da Ásia Ocidental após a Idade do Gelo (250.000 anos atrás) e acredita-se que tenham sobrevivido na Europa até o início do século XVII. Algum tempo antes de sua extinção, provavelmente 7000 a 10.000 anos atrás, os auroques foram domesticados. Pelo menos 2 domesticações são provavelmente representadas em raças de gado no momento da redação deste artigo. Acredita-se que Bos primigenius primigenius, um subtipo Europeu de Auroque evidenciado pelo registro fóssil, seja o ancestral das raças de gado sem corcunda de hoje, dada a designação de espécie Bos taurus . Um subtipo de Auroque Asiático, Bos primigenius namadicus, provavelmente deu origem às raças Zebu corcundas de hoje classificadas como Bos indicus .

embora as raças domésticas de gado sejam divididas em 2 espécies, elas são totalmente interferentes; de fato, várias raças sintéticas surgiram neste século a partir de intercruzamentos de raças taurus e indicus. Os números cromossômicos são idênticos: 29 autossomos, todos acrocêntricos, e um x submetacêntrico.morfologia dos cromossomos Y é a única diferença estrutural reconhecida em B. taurus e B. indicus cariótipos. Assim, o mapa genético” gado ” desenvolvido até o momento e discutido neste artigo é para 2 espécies que muitas pessoas, incluindo eu, acreditam que devem ser reclassificadas como 1. Os bovinos são membros da subfamília Bovinae, da família Bovidae, da subordem Ruminantia e da ordem Artiodactyla.

um cariótipo padrão para bovinos foi resolvido por Popescu e outros (1996), com nomenclatura gênica seguindo as Diretrizes para nomenclatura gênica humana, conforme recomendado pela Sociedade Internacional de genética Animal (ISAG). Loci sem equivalentes humanos são nomeados de acordo com as recomendações do Comitê de nomenclatura genética de ovinos e caprinos ( COGNOSAG 1995 ).

razões para mapear esta espécie

o rápido desenvolvimento de mapas genômicos em bovinos, como em outras espécies pecuárias, tem sido impulsionado por várias forças motivadoras. O uso extensivo do mapeamento genético comparativo como uma ferramenta importante para o estudo da evolução cromossômica em animais oferece ampla razão para mapear o genoma bovino de thc. A iniciativa do genoma humano, financiada internacionalmente e altamente organizada, já forneceu o mapa ge-nômico padrão dos mamíferos com o qual todos os outros serão comparados. O mapa do genoma do camundongo de laboratório continua a se desenvolver rapidamente e, sem dúvida, será a primeira medida de comparação para avaliar a conservação cromossômica de mamíferos e a evolução genômica. No entanto, outros mamíferos, incluindo o gado, desempenham papéis extremamente importantes para ajudar a entender os caminhos do rearranjo cromossômico que acompanharam a evolução dos mamíferos. No momento da redação deste artigo, tornou-se óbvio através do mapeamento comparativo que alguns mamíferos, como gado e gatos, têm genomas mais altamente conservados em relação ao genoma humano do que o genoma de camundongo mais frequentemente comparado. Esses genomas mais altamente conservados provavelmente refletem com mais precisão o arranjo cromossômico do mamífero ancestral. Pelo menos, eles demonstram que o quadro total da evolução do cromossomo dos mamíferos não pode ser totalmente representado por diferenças nos genomas de humanos e camundongos. O mapeamento comparativo expandido, incluindo os genomas do gado, continuará a dar uma contribuição valiosa para a compreensão da evolução cromossômica dos mamíferos em um contexto universal.

o potencial de seleção assistida por marcadores (MAS 1) de características desejáveis e comercializáveis impulsiona o mapeamento genético em espécies de gado. Marcadores genéticos de vantajoso alelos económica trait loci de ETL (1 ), incluindo loci de características quantitativas (QTL 1 ), têm o potencial para aumentar a velocidade e eficiência de ganho genético através de reprodução selectiva, um conceito avançado muito antes de as ferramentas técnicas tornaram-se disponíveis para a sua implementação ( Smith e Simpson, 1986 ; Soller e Beckmann 1982 ; Weller e outros, 1990 ). Os melhores marcadores para uso em programas de reprodução seletiva são obviamente as variantes genéticas realmente responsáveis pelas diferenças fenotípicas nas características importantes. Embora esses marcadores ainda sejam raros, alguns foram identificados por pesquisas completas de variação nos genes que se acredita estarem envolvidos nas vias fisiológicas que levam ao fenótipo de interesse. Essa chamada abordagem de “Gene candidato” para a identificação de marcadores requer um conhecimento fundamental sólido da fisiologia subjacente à característica seguida por triagem /’extensa e geralmente cara ou variação em genes candidatos relacionados a esses processos. Idealmente, a variação de sequência relacionada à característica pode ser incorporada diretamente ao ensaio do marcador. Infelizmente, as bases fisiológicas para muitos traços econômicos permanecem sem solução, e os genes candidatos não são óbvios. Alternativamente, mesmo quando a fisiologia é entendida, a complexidade do traço pode apresentar uma lista longa e complicada de genes candidatos. No entanto, ETL, e até mesmo QTL, pode ser mapeado por linkage analysis ( Andersson e outros, 1994 ; Georges e outros 1993a , b , 1995 ; Lander e Botstein 1989 ; Paterson e outros, 1989 ). Marcadores mapeados próximos ao ETL podem ser usados para auxiliar na seleção do ETL se a frequência de recombinação for suficientemente pequena e a fase cromossômica dos alelos marcador e ETL for conhecida. A eficiência do MAS Pode ser aumentada identificando marcadores em ambos os lados do ETL desde que a recombinação na região spanned por 2 marcadores pode ser detectada. Um dos principais objetivos iniciais do mapeamento genético do gado era, portanto, produzir mapas de marcadores altamente polimórficos espaçados em intervalos de aproximadamente 20 cM (1 cM = 1% de recombinação) ou menos em todos os cromossomos. Esses marcadores poderiam então estar disponíveis para estudos de mapeamento em famílias segregando QTL, resultando em associações de ligação do QTL com 1 ou mais marcadores. Sob protocolos de reprodução apropriados, marcadores vinculados podem ser usados para MAS.

outro objetivo do mapeamento genético é identificar e clonar genes responsáveis pelo ETL. É óbvio a partir da discussão acima que MAS é muito mais eficiente quando utiliza variação nos genes realmente responsáveis pelo ETL. Mais importante ainda, uma compreensão completa da interação potencial da característica com outros processos fisiológicos só é possível quando os genes envolvidos são conhecidos. O termo ” genética reversa “foi substituído em uso comum por” clonagem posicional “ou” clonagem baseada em mapa ” para descrever o processo pelo qual a aplicação de informações de mapa é usada para clonar um gene responsável por uma característica específica na ausência de informações sobre a base bioquímica ou molecular da característica. Embora a tarefa de clonar genes posicionalmente em qualquer espécie seja formidável, clonar genes para ETL no gado é quase proibitivo. Os mapas de animais certamente nunca serão tão densos quanto os do humano. Bibliotecas de inserção grande para espécies de gado estão apenas começando a ser desenvolvidas e usadas. Deleções cromossômicas que ocorrem naturalmente de genes importantes, ferramentas importantes em muitos dos sucessos humanos e de camundongos, não foram identificadas e propagadas no gado. A tarefa é ainda mais complicada pela natureza quantitativa da maioria dos traços de interesse econômico em animais de fazenda e pela escassez de apoio à pesquisa mundial para a agricultura animal em relação à iniciativa genoma humano. Estratégias alternativas à clonagem posicional convencional devem ser planejadas e desenvolvidas. Uma abordagem proposta é a “clonagem posicional candidata comparativa”, que tira proveito do conhecimento da história evolutiva dos cromossomos e dos rápidos avanços nos mapas humanos e de camundongos.

Mapa Atual Estado

Mapeamento Físico

Mais de 400 tipo I loci foram mapeados em bovinos ( batatas Fritas e outros, 1993 ; O’Brien e outros, 1993 ; Womack e Kata 1995 ), principalmente através de células somáticas genética ( Arruga e outros, 1992 ; Womack e Moll 1986 ). Esses mapas de sintenia forneceram uma base para mapas de genoma em bovinos, indicando os limites da conservação cromossômica em relação aos genomas ricos em mapas de camundongos e humanos. No entanto, o mapa comparativo é incompleto, não abordando nem a conservação nem o rearranjo da ordem gênica. A hibridação in situ, especialmente com fluorescência, tem sido usada efetivamente para abordar a ordem dos loci do tipo I, para atribuir grupos sintênicos a cromossomos específicos e para ancorar o mapa de ligação em rápido crescimento aos cromossomos ( Fries and others 1993 ; Gallagher and others 1993 ; Iannuzzi and others 1993 ; Solinas-Toldo and others 1993 ). No momento da redação deste artigo, mais de 100 localizações in situ de sequências únicas foram identificadas em cromossomos de gado. Todos os grupos sintênicos bovinos estão agora ancorados a cromossomos específicos por hibridização in situ por fluorescência (peixe 1 ), e o mapa de ligação está fisicamente ancorado em aproximadamente 100 locais em todos os cromossomos bovinos.

Ligação de Mapeamento

Primeira geração de bovinos de ligação mapas ( Barendse e outros, 1994 ; Bispo e outros, 1994 ) tem sido ampliado em 3 recentemente publicado mapas contendo marcadores totalizando 1250 ( Kappes e outros, 1997 ), 746 ( Barendse e outros, 1997 ) e 269 ( Ma e outros, 1996 ). Esses mapas combinados contêm quase 1400 marcadores exclusivos com um espaçamento médio de 2 a 2,5 cM. Embora a maioria dos marcadores representados sejam microssatélites, quase 200 estão dentro ou perto de sequências de codificação. O tamanho total do genoma em média sexual é de 2990 cM ( Kappes e outros 1997 ) e 3532 cM (Barendse e outros 1997 ) nos 2 mapas maiores. Ao contrário dos mapas humanos e de ratos, muito pouca diferença de sexo na recombinação foi observada nesses 2 mapas bovinos. O mapa masculino específico de Ma e outros (1996) cobre 1975 cM, que sem dúvida crescerá à medida que os marcadores forem adicionados.

mapeamento comparativo

aproximadamente 400 loci foram mapeados em bovinos e humanos. A maioria deles também foi mapeada em camundongos. Embora a extensa conservação da sintenia tenha sido observada entre bovinos e humanos ( Threadgill e Womack 1991 ; Womack e Kata 1995 ; Womack e Moll 1986 ), a conservação da ligação (conservação da ordem genética) pode não ser tão prevalente. Barendse e outros (1997) incorporaram um número suficiente de loci tipo I no mapa de ligação para demonstrar a presença de numerosos rearranjos da ordem gênica dentro de sintetizações conservadas. Um backcross híbrido interespecífico (Riggs e outros 1997 ) foi usado para gerar mapas de cromossomos bovinos 7 e 19 contendo um número suficiente de genes para abordar essa questão. Foi demonstrado o rearranjo da ordem gênica dentro da sintenia conservada no BTA 7 / HSA 5 (Gao e Womack 1997) com um grande ponto de ruptura na homologia do segmento identificada na pequena região entre AMH bovino e CSF2. Um padrão semelhante foi revelado no cromossomo bovino 19 (Yang e Womack 1997 ). HSA 17 e BTA 19 são grupos sintênicos completamente conservados, mas a ordem linear dos genes foi reorganizada. Esses dados suportam a necessidade de mapas comparativos ordenados para facilitar a extrapolação de genes candidatos para características bovinas do mapa de genes humanos.

uma importante contribuição para o mapeamento genético comparativo é a pintura cromossômica heteróloga ou a pintura zoológica (zoológico)-peixe. Solinas-Toldo e outros (1995 ), Hayes (1995 ) e Chowdhary e outros (1996) “pintaram” cromossomos de gado com bibliotecas específicas de cromossomos humanos para delinear segmentos de homologia. Esses estudos definem os limites da conservação cromossômica no nível citogenético ” humano em gado; e eles são muito consistentes, no momento da redação deste artigo, com os resultados do mapeamento comparativo de sintenia, que define a homologia “gado em humanos”. Como o mapeamento de sintenia, eles não abordam a conservação da ordem gênica em segmentos homólogos.

Abordagens Utilizadas Para Desenvolver O Mapa

Synteny Mapeamento

“Synteny” simplesmente denota-se “na mesma vertente” ou, na terminologia genética, “no mesmo cromossomo.”Um mapa de sintenia nada mais é do que uma lista de genes conhecidos por residirem no mesmo cromossomo em uma determinada espécie. “Conserved synteny” foi usado por Nadeau (1989 ) para descrever a localização de 2 ou mais genes homólogos no mesmo cromossomo em diferentes espécies. A sintenia não deve ser substituída por “sintenia conservada” em nossa comparação de mapas entre espécies. O mapeamento Synteny provavelmente está associado ao mapeamento comparativo porque os únicos mapas disponíveis para comparação entre a maioria das espécies animais até agora eram mapas synteny.

a genética celular somática ainda é o método mais comum para a construção de mapas de sintenia. As células somáticas híbridas podem ser construídas de modo que os cromossomos de praticamente qualquer espécie progenitora sejam preferencialmente perdidos. Cada clone híbrido reterá um genoma parcial dessa espécie junto com o genoma completo do outro que geralmente é uma linha celular de roedores transformada. Como a perda cromossômica é mais ou menos aleatória, cada clone manterá um subconjunto diferente de cromossomos da espécie que está sendo mapeada. Como no mapeamento genético humano, a análise de pares de genes em um painel de linhas celulares híbridas revelará concordância ou discordância de sua retenção. A concordância da retenção é evidência da localização de 2 genes nos mesmos cromossomos. Por outro lado, discordância de retenção é evidência de assintenia (sua localização em diferentes cromossomos). Os produtos gênicos ou sequências de DNA podem ser mapeados por análise de sintenia em qualquer espécie, desde que a presença ou ausência do gene ou produto gênico da espécie alvo possa ser verificada no contexto genômico do roedor totalmente retido. Eletroforese enzimática, Sul blotting com sondas de sequência únicas e amplificação de reação em cadeia da polimerase com primers discriminadores de espécies têm sido ferramentas analíticas eficazes para mapeamento de sintenia.

a genética celular somática normalmente não resulta na atribuição de marcadores a locais cromossômicos específicos ou mesmo a sub-regiões cromossômicas. Consequentemente, os genes em um mapa de sintenia geralmente não são ordenados. Métodos de células somáticas empregando cromossomos rearranjados são uma exceção a essa generalização e têm sido usados de forma muito eficaz para ordenar genes no mapa humano.Mapeamento híbrido de radiação (Cox e outros 1990; Walter e outros 1994) tornou-se recentemente uma ferramenta importante para a construção de mapas de alta resolução de cromossomos humanos. As técnicas empregadas são variações da genética celular somática básica em que as células doadoras foram irradiadas para alcançar a fragmentação cromossômica. A análise estatística baseia-se nos princípios da análise de ligação, ou seja, uma maior proximidade de 2 loci resulta em menos separação por rearranjo cromossômico Aleatório. Usado pela primeira vez por Goss e Harris (1975 ), a técnica pode ser usada com híbridos de cromossomos únicos como doador irradiado ( Cox e outros 1990 ) ou com irradiação total do genoma em uma célula doadora diplóide ( Walter e outros 1994 ). Seja usado no mapeamento de um único cromossomo ou de um genoma inteiro, a tecnologia é eficaz para construir mapas contíguos de cromossomos de mamíferos em um nível de resolução de 500 kb. Este método pode revelar-se a abordagem ideal para o mapeamento genético comparativo, uma vez que fornece um mapa ordenado sem a exigência de segregação de polimorfismos em populações reprodutoras.

hibridação in Situ

sequências únicas de DNA, elementos repetitivos e genomas inteiros foram efetivamente localizadas em locais cromossômicos por hibridação in situ. Esta técnica emprega a ligação de um marcador microscopicamente detectável a uma sonda de DNA seguida de hibridização da sonda para desnaturar o DNA de um cromossomo intacto. A especificidade da hibridização é determinada pela singularidade da sonda. Embora as sondas radioativas dominassem a aplicação inicial dessa tecnologia, as sondas fluorescentes agora são geralmente usadas. Em sua revisão de FISH, Trask (1991) observa que tem as seguintes vantagens sobre a rotulagem isotópica: fornece resolução espacial superior, geralmente exigindo visualização de menos cromossomos rotulados; é mais rápido; e a sonda empregada é geralmente mais estável. As sensibilidades são semelhantes, cada uma exigindo alguns pares de kilobase de sequência ininterrupta como a sonda de hibridização. Foram desenvolvidos esquemas que permitem o uso de várias sondas com sinais de cores diferentes nos mesmos cromossomos. Esse uso é particularmente importante para o mapeamento genético, pois fornece o potencial de ordenar loci dentro dos limites de resolução de aproximadamente 100 kb. Cosmídeos, ou vetores de clonagem que acomodam grandes sequências de DNA (até 45 kb), foram usados efetivamente como sondas para peixes. Uma vez que essas grandes inserções geralmente contêm DNA repetitivo, o DNA alvo deve primeiro ser pré-hibridizado com DNA genômico total não rotulado. Este método tem sido usado efetivamente para ancorar mapas de ligação aos cromossomos por cosmídeos hibridizantes que contêm marcadores altamente polimórficos usados no mapeamento de ligação.

as tecnologias descritas acima resultam em mapas físicos que representam as relações físicas dos loci com os cromossomos em que residem. Mapas físicos de maior resolução com marcadores definidos em clones contíguos (mapas contig) estão disponíveis em bovinos, mas provavelmente abrangerão pequenas regiões genômicas de interesse especial, em vez de cromossomos inteiros, como alvo da iniciativa genoma humano e pré-requisito para o sequenciamento total do genoma.

mapeamento de ligação

os mapas de ligação são definidos em termos meióticos e não físicos, com uma unidade de mapa representando 1% de recombinação. Como a ligação é mensurável apenas em produtos gaméticos, o mapeamento de ligação requer a detecção de alelos maternos e paternos em gametas produzidos por indivíduos heterozigotos; assim, tanto o polimorfismo quanto o grande número de descendentes são requisitos para o mapeamento de ligação. O mapa de Barendse e outros (1997) resultou /’tipagem do marcador rom em 328 descendentes bovinos de 15 famílias full-sib que variam em tamanho de 3 a 36. As famílias são constituídas por cruzamentos de diversas raças e constituem o International Bovine Reference Family Panel (IBRP). O mapa de Kappes e outros (1997 ) foi gerado a partir de 180 descendentes da Carne Animal Research Center (MARC) população de referência ( Bispo e outros, 1994 ), e o mapa do Ma e outros (1996 ) vem a partir de 9 paterna meio-sib famílias conhecido como o estado de Illinois Referência/Recursos Famílias (IRRF), que incluem 459 prole. Marcadores para fins de mapeamento foram categorizados como tipo I ou II por O’Brien (1992 ). Os marcadores do tipo I, que são sequências expressas (genes) geralmente conservadas de 1 espécie de mamífero para outra, são favorecidos para uso em mapeamento genético comparativo. Infelizmente, eles geralmente não são altamente polimórficos e, portanto, são difíceis de incorporar em mapas de ligação. Os marcadores tipo II são sequências anônimas altamente polimórficas mais amplamente utilizadas para mapeamento de ligação. Os marcadores de escolha para mapeamento de ligação de gado foram microssatélites, que dominam os mapas de ligação discutidos acima.

contribuições científicas do mapa

um número crescente de características de significado econômico está sendo colocado no mapa do genoma bovino. Bovinos deficiência de adesão leucocitária (LAD 1 ) ( Shuster e outros, 1992 ; Threadgill e Womack 1991 ) e uridine monofosfato sintetase deficiência (UMPS) foram mapeados para sites específicos no cromossomo 1 ( Ryan e outros, 1994 ; Schwenger e outros, 1993 ). BoLA mostrou estar associada à suscetibilidade à infecção pelo vírus da leucemia (Lewin e outros 1988 ). Georges e outros (1993a ) encontraram ligação do locus pesquisado a microssatélites no cromossomo 1. A doença de weaver mapeia para marcadores no cromossomo 4 (Georges e outros 1993b ) e tem o interesse adicional de estar associado a um traço quantitativo para melhorar a produção de leite. A variação em torno do gene da prolactina no cromossomo 23 (Cowan e outros 1990 ) está relacionada à produção de leite em algumas famílias Holstein sire, e Georges e outros (1995 ) usaram microssatélites mapeados para localizar um adicional de 5 QTL para a produção de leite. O número de ETL no mapa do genoma do gado está se expandindo rapidamente, e pelo menos 1 História de sucesso completa surgiu. O traço de hipertrofia muscular (duplo músculo) foi mapeado para marcadores microssatélites no cromossomo 2 (Charlier e outros 1995 ). A clonagem posicional candidata comparativa sugeriu a miostatina como um gene candidato a Grobet e outros (1997 ), que identificaram uma deleção de 11 bp responsável pela característica no gado azul Belga.

um excelente exemplo de uma busca genética candidata bem-sucedida é a de Shuster e outros (1992), que identificaram o defeito genético responsável pelo rapaz no gado Holandês como uma mutação missense codificando o aminoácido 128 no CDI8. Em seguida, tornou-se possível distinguir os alelos mutantes e normais pela reação em cadeia da polimerase, fornecendo o marcador genético ideal desse locus de traço econômico.

contribuições futuras antecipadas do mapa

o grande número de marcadores mapeados que existem em bovinos no momento da redação deste artigo fornece ampla cobertura do genoma para mapear ETL em famílias segregando as características. Infelizmente, cada ETL geralmente requer uma família segregante única, geralmente exigindo desenvolvimento e manutenção caros. No entanto, as famílias de recursos são integrais e necessárias na aplicação final do mapa genético ao aprimoramento econômico. O mapeamento de ETL para regiões de um cromossomo entre 10 e 20 cM provavelmente será seguido por mapeamento de alta resolução em um esforço para identificar e clonar os genes responsáveis. Bibliotecas específicas de cromossomos estão sendo desenvolvidas para auxiliar nesse processo. Os criadores de animais não devem e provavelmente não ficarão satisfeitos apenas com uma aproximação da distância do marcador ETL (como 10 cM).

o próximo grande passo, identificando e clonando ETL, é formidável. Os mapas de ligação de alta densidade, numerosas deleções cromossômicas e grandes contigs de inserção que contribuíram muito para a clonagem posicional de loci de doenças humanas simplesmente não estão disponíveis para a clonagem de ETL animal. É improvável que essa riqueza de recursos esteja disponível para o gado. No entanto, a clonagem posicional de genes humanos é rapidamente shilling em direção ao candidato posicional ( Collins 1995 ) abordagem, que se baseia mais na disponibilidade de um conjunto de genes expressos mapeados para as mesmas regiões cromossômicas que o gene da doença e menos em andar e saltar de um marcador ligado. Em bovinos como em humanos, o processo de 3 etapas para clonagem candidata posicional do gene para uma característica importante será (1) localizar o locus da característica em uma sub-região cromossômica, (2) pesquisar bancos de dados disponíveis para genes candidatos razoáveis e (3) testar genes candidatos para variação correlacionada com fenótipo. Obviamente, o PASSO 2 não é realista em bovinos, uma vez que apenas 400 dos aproximadamente 70.000 genes foram atribuídos aos cromossomos no momento da redação deste artigo. Essa etapa foi quase tão irrealista em humanos até o final da década de 1990, quando várias iniciativas internacionais visaram o mapeamento em grande escala de tags de sequência expressas (ESTs 1 ). O sucesso desses esforços sugere que a maioria das transcrições humanas provavelmente será mapeada nos próximos anos ( Collins 1995 ). Assim, a chave para a clonagem de ETL bovino pode ser por meio de bancos de dados comparativos de genoma que podem traduzir um segmento bovino de 10 cM em sua contraparte humana e podem então procurar por ESTs humanos no segmento com características que podem ser aplicadas ao fenótipo bovino.

pode-se supor que, com aproximadamente 20 potenciais genes candidatos por centimorgan, 200 genes ou ESTs compreenderão o pool de candidatos total. Essa estratégia comparativa de clonagem de candidatos posicionais fornece esperança para a clonagem de ETL que não é aparente com as estratégias convencionais de clonagem baseada em mapa de genes de doenças humanas. Essa estratégia foi implementada com sucesso na busca pelo gene duplo musculoso descrito acima. No entanto, o uso sistemático de bancos de dados EST humanos para identificação de genes animais responsáveis pelo ETL exigirá mapas comparativos com maior precisão do que os atualmente disponíveis. A identificação dos limites da sintenia conservada não é suficiente. Devemos continuar a identificar os rearranjos internos que acompanharam a evolução cromossômica de mamíferos e resultaram em rearranjo da ordem gênica dentro desses limites de sintenia conservada. Uma abordagem promissora para mapas comparativos ordenados é o uso mais extensivo do mapeamento híbrido de radiação.Também é importante começar a mapear transcritos bovinos e genes candidatos para características localizadas em regiões genômicas específicas. Novamente, painéis de híbridos de radiação serão críticos para o mapeamento de ESTs bovinos e para sua integração com marcadores de microssatélites dos mapas de ligação.

os usos do mapa e acessibilidade

mapas do genoma do gado cresceram além do escopo de uma única ilustração. Esses dados, juntamente com representações pictóricas, estão disponíveis, no entanto, em vários sites ( Tabela 1 ).

Tabela 1

sítios web para bases de dados de mapeamento de genes bovinos

base de dados . endereço .
NOS Bovinos ArkDB http://bos.cvm.tamu.edu/bovarkdb.html
Animal Genoma de Banco de dados, Japão http://ws4.niai.affrc.go.jp/jgbase.html
BovMap Banco de dados, INRA, França http://locus.jouy.inra.fr/cgi-bin/bovmap/intro.pl
Gado Genoma de Banco de dados, SCIRO, Austrália http://spinal.tag.csiro.au/
Meat Animal Research Center (MARC), USDA um http://sol.marc.usda.gov/
Illinois Referência/Recursos Famílias (IRRF) http://cagst.animal.uiuc.edu/
de Banco de dados . endereço .
NOS Bovinos ArkDB http://bos.cvm.tamu.edu/bovarkdb.html
Animal Genoma de Banco de dados, Japão http://ws4.niai.affrc.go.jp/jgbase.html
BovMap Banco de dados, INRA, França http://locus.jouy.inra.fr/cgi-bin/bovmap/intro.pl
Gado Genoma de Banco de dados, SCIRO, Austrália http://spinal.tag.csiro.au/
Meat Animal Research Center (MARC), USDA um http://sol.marc.usda.gov/
Illinois Referência/Recursos Famílias (IRRF) http://cagst.animal.uiuc.edu/
um

USDA, Departamento de Agricultura dos EUA.

Tabela 1

sítios web para bases de dados de mapeamento de genes bovinos

base de dados . endereço .
NOS Bovinos ArkDB http://bos.cvm.tamu.edu/bovarkdb.html
Animal Genoma de Banco de dados, Japão http://ws4.niai.affrc.go.jp/jgbase.html
BovMap Banco de dados, INRA, França http://locus.jouy.inra.fr/cgi-bin/bovmap/intro.pl
Gado Genoma de Banco de dados, SCIRO, Austrália http://spinal.tag.csiro.au/
Meat Animal Research Center (MARC), USDA um http://sol.marc.usda.gov/
Illinois Referência/Recursos Famílias (IRRF) http://cagst.animal.uiuc.edu/
de Banco de dados . endereço .
NOS Bovinos ArkDB http://bos.cvm.tamu.edu/bovarkdb.html
Animal Genoma de Banco de dados, Japão http://ws4.niai.affrc.go.jp/jgbase.html
BovMap Banco de dados, INRA, França http://locus.jouy.inra.fr/cgi-bin/bovmap/intro.pl
Gado Genoma de Banco de dados, SCIRO, Austrália http://spinal.tag.csiro.au/
Meat Animal Research Center (MARC), USDA um http://sol.marc.usda.gov/
Illinois Referência/Recursos Famílias (IRRF) http://cagst.animal.uiuc.edu/
um

USDA, Departamento de Agricultura dos EUA.

os 3 mapas de ligação discutidos na seção anterior intitulada status atual do mapa podem ser encontrados nos sites CSIRO, MARC e IRRF, respectivamente. Os mapas de ligação de resumo são gerados a partir dos bancos de dados NAGRP, Japão e INRA. O site NAGRP também inclui mapas comparativos” cow on human “e” human on cow ” com dados correspondentes do mouse.

conclusão

o mapa do genoma bovino inclui um mapa de sintenia, um mapa de ligação e pelo menos 1 hibridização in situ para cada cromossomo. Mais de 1400 marcadores são colocados em pelo menos 3 mapas de ligação publicados. Esses marcadores agora estão sendo usados para gerar mapas de ETL em um ritmo acelerado. A questão de como identificar genes responsáveis pelo ETL mapeado em bovinos (e outras espécies de gado) é formidável. Uma abordagem proposta é através da clonagem posicional candidata comparativa, na qual os genes candidatos dos mapas humano e rato são obtidos a partir do mapa comparativo bovino. Tornou-se evidente que a identificação da sintenia conservada entre as espécies é insuficiente para a clonagem posicional candidata comparativa devido aos rearranjos abundantes da ordem gênica dentro de grupos sintênicos conservados. Experimentos em andamento para resolver ainda mais a ordem dos genes incluem um backcross híbrido interespecífico e análise de células somáticas híbridas de radiação.

Andersson
L

Haley
CS

Ellegren
H

Knott
SA

Johansson
M

Andersson
K

Andersson-Eklund
L

Edfors-Lilja
Eu

Fredholm
M

Hansson
Eu

Hakansson
J

Lundströ
K

.

1994

.

mapeamento genético de loci quantitativos para crescimento e gordura em suínos

.

Ciência
236

:

1771

1774

.

Arruga
MV

Monteagudo
LV

Tejedor
MT

.

1992

.

atribuição de dois marcadores transportados pelo cromossomo humano i a diferentes grupos de sintetização de gado: FH para UI e PEPC para HI7 (cromossomo 8)

.

Cytogenet Célula Genet
59

:

45

47

.

Barendse
W

Armitage
SM

Kossarek
LM

Shalom
Um

Kirkpatrick
BW

Ryan
AM

Clayton
D

Li
L

Neibergs
HL

Zhang
N

Grosse
WM

Weiss
J

Creighton
P

McCarthy
F

Ron
M

Teale
AJ

batatas Fritas
R

McGraw
RA

Moore
SS

Georges
M

Soller
M

Womack
JE

Hetzel
DJS

.

1994

.

um mapa de ligação genética do genoma bovino

.

Nat Genet
6

:

227

235

.

Barendse
W

Vaiman
D

Kemp
SJ

Sugimoto
Y

Armitage
SM

Williams
JL

Sol
HS

Eggen
Um

Agaba
M

Aleyasin
SA

Banda
M

Bispo
MD

Buitkamp
J

Byrne
K

Collins
F

Cooper
L

Coppettiers
W

Denys
B

Drinkwater
RD

Easterday
K

Elduque
C

Ennis
S

Erhardt
G

Ferretti
L

Flavin
N

Gao
Q

Georges
M

Gurung
R

Harlicius
B

Hawkins
G

Hetzel
J

Hirano
T

Hulme
D

Jorgensen
C

Kessler
M

Kirkpatrick
BW

Konfortov
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Alta Velocidade
de Alta Velocidade

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Leveziel
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Lewin
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Leyhe
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Lil
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eu

McGraw
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Miller
JR

Moody
DE

Moore
SS

Nakane
S

Nijman
IJ

Olsaker
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Pompa
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Um

Ron
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1

abreviações utilizadas neste trabalho: EST, Tag de sequência expressa; ETL, loci de traço econômico; peixe, hibridização in situ de fluorescência; LAD, deficiência de adesão de leucócitos; MAS, seleção assistida por marcador; QTL, loci de traço quantitativo.

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