Innledning

Hulemalerier i Europa og Nord-Afrika skildrer vill storfe, urokse (Bos primigenius), blant de dyrebare byttedyr Av Steinalderjegere. Disse majestetiske dyrene sto nesten 2 M på tålerne og hadde horn opp til 1 M lange. Okser er vanligvis vist som mørkebrune eller svarte med kyr og kalver rødbrune, selv om hvite og flekkete dyr også vises i maleriene ( Felius 1985 ). Urokse spredt ut av vest-Asia etter Istiden (250.000 år siden) og antas å ha overlevd I Europa til tidlig i det 17. århundre. En gang før deres utryddelse, sannsynligvis 7000 til 10.000 år siden, ble urokse tammet. Minst 2 domestications er sannsynligvis representert i raser av storfe på tidspunktet for denne skrivingen. Bos primigenius primigenius, En Europeisk auroch subtype dokumentert av fossilene, antas å være stamfar til dagens humpless raser av storfe gitt artsbetegnelsen Bos taurus . En Asiatisk auroch subtype, Bos primigenius namadicus, sannsynligvis ga opphav til dagens humped zebu raser klassifisert som Bos indicus .

selv om husdyr av storfe er delt inn i 2 arter, er de helt interferile; faktisk har flere syntetiske raser oppstått i dette århundret fra intercrosses av taurus og indicus raser. Kromosomtall er identiske: 29 autosomer, som alle er akrocentriske Og en submetacentrisk X. Morfologi Av y-kromosomene er den eneste anerkjente strukturelle forskjellen I b. taurus og b. indicus karyotyper. Og dermed, den» storfe » genet kartet utviklet til dags dato og diskutert i denne artikkelen er for 2 arter som mange mennesker, inkludert meg selv, mener bør omklassifiseres som 1. Kveg er medlemmer av Underfamilien Bovinae, Familien Bovidae, underordenen Ruminantia, Og rekkefølgen Artiodactyla.

En standard karyotype for storfe ble løst Av Popescu og andre (1996), med gennomenklatur som følger retningslinjene for human gennomenklatur som anbefalt av International Society For Animal Genetics (ISAG). Loci uten menneskelige ekvivalenter er navngitt i henhold til anbefalingene fra Komiteen For Genetisk Nomenklatur For Sauer og Geiter ( COGNOSAG 1995 ).

Årsaker Til Kartlegging Av Denne Arten

den raske utviklingen av genomkart i storfe, som i andre husdyrarter, har vært drevet av flere motiverende krefter. Den omfattende bruken av komparativ genkartlegging som et viktig verktøy for studiet av kromosomal evolusjon hos dyr gir god grunn til å kartlegge thc bovint genom. Det internasjonalt finansierte og høyt organiserte human genome initiative har allerede gitt standard mammalian ge-nomic kart som alle andre til slutt vil bli sammenlignet med. Genomkartet til laboratoriemusen fortsetter å utvikle seg raskt og vil utvilsomt være det første mål for sammenligning for evaluering av pattedyrs kromosomal bevaring og genomisk evolusjon. Imidlertid spiller andre pattedyr, inkludert storfe, ekstremt viktige roller for å bidra til å forstå veiene for kromosomal omplassering som har fulgt pattedyrs evolusjon. På tidspunktet for denne skrivingen har det blitt tydelig gjennom komparativ kartlegging at noen pattedyr som storfe og katter har genomer mer høyt bevart i forhold til det menneskelige genomet enn det oftest sammenlignet musgenomet. Disse mer høyt konserverte genomene reflekterer sannsynligvis mest nøyaktig kromosomarrangementet til forfedret pattedyr. I det minste viser de at det totale bildet av pattedyrs kromosomutvikling ikke fullt ut kan representeres av forskjeller i genomene til mennesker og mus. Utvidet komparativ kartlegging, inkludert genomene av storfe, vil fortsette å gi et verdifullt bidrag til å forstå pattedyrs kromosomal evolusjon i en universell sammenheng.

potensialet for markørassistert seleksjon (MAS 1 ) av ønskelige og salgbare egenskaper driver genkartlegging i husdyrarter. Genetiske markører av fordelaktige alleler for økonomisk egenskap loci (ETL 1), inkludert kvantitativ egenskap loci (QTL 1), har potensial til å øke hastigheten og effektiviteten av genetisk gevinst gjennom selektiv avl, et konsept avansert lenge før de tekniske verktøyene ble tilgjengelige for implementering ( Smith Og Simpson 1986 ; Soller Og Beckmann 1982 ; Weller og andre 1990 ). De beste markørene for bruk i selektive avlsprogrammer er åpenbart genvarianter som faktisk er ansvarlige for fenotypiske forskjeller i de viktige egenskapene. Selv om slike markører fortsatt er sjeldne, har noen blitt identifisert ved grundige søk etter variasjon i gener som antas å være involvert i de fysiologiske veiene som fører til fenotypen av interesse. Denne såkalte» kandidatgen » tilnærmingen til markøridentifikasjon krever en god grunnleggende kunnskap om fysiologi som ligger til grunn for egenskapen etterfulgt av omfattende og vanligvis dyr screening /’eller variasjon i kandidatgener relatert til disse prosessene. Ideelt sett kan sekvensvariasjon relatert til egenskapen til slutt innlemmes direkte i markøranalysen. Dessverre forblir fysiologiske grunnlag for mange økonomiske egenskaper uløste, og kandidatgener er ikke åpenbare. Alternativt, selv når fysiologien er forstått, kan kompleksiteten til egenskapen presentere en lang og tungvint liste over kandidatgener. IMIDLERTID kan ETL, OG TIL OG MED QTL, kartlegges ved hjelp av koblingsanalyse ( Andersson og andre 1994 ; Georges og andre 1993a , b, 1995 ; Lander Og Botstein 1989 ; Paterson og Andre 1989). Markører kartlagt i nærheten AV etl kan brukes til å hjelpe til med seleksjon for ETL hvis rekombinasjonsfrekvensen er tilstrekkelig liten og kromosomfasen av markør-og etl-alleler er kjent. Effektiviteten AV MAS kan økes ved å identifisere markører på hver side av ETL siden rekombinasjon i regionen spredt av 2 markører kan detekteres. Et viktig tidlig mål for kartlegging av storfe var derfor å produsere kart over svært polymorfe markører fordelt med intervaller på ca 20 cM (1 cM = 1% rekombinasjon) eller mindre over hvert kromosom. Disse markørene kan da være tilgjengelige for kartlegging av studier i familier som segregerer QTL, noe som forhåpentligvis resulterer i koblingsforeninger AV QTL med 1 eller flere markører. Under passende avlsprotokoller kan koblede markører deretter brukes TIL MAS.

Et annet mål med genkartlegging er å identifisere og klone gener som er ansvarlige for ETL. DET er åpenbart fra diskusjonen ovenfor AT MAS er mye mer effektiv når den utnytter variasjon i genene faktisk ansvarlig for ETL. Enda viktigere er en fullstendig forståelse av egenskapens potensielle samspill med andre fysiologiske prosesser bare mulig når de involverte gener er kjent. Begrepet «omvendt genetikk» har blitt erstattet i vanlig bruk av «posisjonskloning » eller» kartbasert kloning » for å beskrive prosessen der anvendelsen av kartinformasjon brukes til å klone et gen som er ansvarlig for et bestemt trekk i fravær av informasjon om det biokjemiske eller molekylære grunnlaget for egenskapen. Selv om oppgaven med posisjonelt kloning av gener i noen arter er formidabel, er kloning av gener for ETL i husdyr nesten uoverkommelig. Dyrekart vil absolutt aldri være så tette som menneskets. Store innsatsbiblioteker for husdyrarter begynner bare å bli utviklet og brukt. Naturlig forekommende kromosomale slettinger av viktige gener, viktige verktøy i mange av menneskets og musens suksesser, har ikke blitt identifisert og forplantet i husdyr. Oppgaven er ytterligere komplisert av kvantitativ karakter av de fleste egenskaper av økonomisk interesse for husdyr og mangelen på verdensomspennende forskningsstøtte til dyr landbruk i forhold til human genome initiative. Alternative strategier til konvensjonell posisjonskloning må planlegges og utvikles. En foreslått tilnærming er «comparative candidate positional cloning», som utnytter kunnskap om kromosomens evolusjonære historie og raske fremskritt i menneske-og musekart.

Nåværende Kartstatus

Fysisk Kartlegging

Mer enn 400 type i loci har blitt kartlagt i storfe ( Pommes Frites og andre 1993 ; O ‘ Brien og andre 1993; Womack Og Kata 1995) primært gjennom somatisk cellegenetikk (Arruga og andre 1992; Womack Og Moll 1986). Disse synteny kartene har gitt grunnlag for genomkart i storfe, som indikerer grensene for kromosomal bevaring i forhold til kartrike genomer av mus og mennesker. Det komparative kartet er imidlertid ufullstendig, og adresserer verken bevaring eller omlegging av genordre.

in situ hybridisering, spesielt med fluorescens, har blitt brukt effektivt for å løse rekkefølgen av type i loci, for å tildele synteniske grupper til bestemte kromosomer, og å forankre det raskt voksende koblingskartet til kromosomer ( Fries og andre 1993 ; Gallagher og andre 1993 ; Iannuzzi og andre 1993 ; Solinas-Toldo og andre 1993 ). På tidspunktet for denne skrivingen har mer enn 100 in situ lokaliseringer av unike sekvenser blitt identifisert på storfe kromosomer. Alle bovine synteniske grupper er nå forankret til spesifikke kromosomer ved fluorescens in situ hybridisering (FISH 1), og koblingskartet er fysisk forankret på ca 100 steder på alle bovine kromosomer.

Linkage Mapping

første generasjon bovine linkage maps ( Barendse m. fl. 1994 ; Bishop m. fl., 1994 ) er utvidet i 3 nylig publiserte kart med markører på totalt 1250 ( Kappes m. fl. 1997 ), 746 ( Barendse m. fl. 1997) og 269 (Ma m. fl. 1996). Disse kombinerte kartene inneholder nesten 1400 unike markører med en gjennomsnittlig avstand på 2 til 2,5 cM. Selv om flertallet av markører representert er mikrosatellitter, er nesten 200 innenfor eller nær kodende sekvenser. Kjønn-gjennomsnittlig total genomstørrelse er 2990 cM (Kappes m. fl. 1997) og 3532 cM (Barendse m. fl. 1997 ) på de 2 større kartene. I motsetning til menneske-og musekartene ble det observert svært liten kjønnsforskjell i rekombinasjon i disse 2 oksekartene. Det mannlige spesifikke kartet Over Ma og andre (1996 ) dekker 1975 cM, som utvilsomt vil vokse som markører legges til.

Komparativ Kartlegging

Omtrent 400 loki er kartlagt i både storfe og mennesker. De fleste av disse har også blitt kartlagt i mus. Selv om omfattende bevaring av synteny har blitt observert mellom storfe Og mennesker ( Threadgill and Womack 1991 ; Womack and Kata 1995 ; Womack and Moll 1986 ), kan bevaring av kobling (bevaring av genordre) ikke være så utbredt. Barendse og andre (1997 ) innlemmet et tilstrekkelig antall type i loci i koblingskartet for å demonstrere tilstedeværelsen av mange omarrangementer av genordre innen konserverte syntener. En interspesifikk hybrid backcross ( Riggs og andre 1997 ) ble brukt til å generere kart over bovine kromosomer 7 og 19 som inneholder tilstrekkelig antall gener for å løse dette spørsmålet. Genreordre omorganisering innen konservert synteny på BTA 7 / HSA 5 ble demonstrert (Gao og Womack 1997) med et stort brytepunkt i segmenthomologi identifisert i den lille regionen MELLOM bovin AMH og CSF2. Et lignende mønster ble avslørt i bovint kromosom 19(Yang Og Womack 1997). HSA 17 og BTA 19 er helt konserverte synteniske grupper, men den lineære rekkefølgen av gener har blitt omorganisert. Disse dataene støtter behovet for bestilte komparative kart for å lette ekstrapolering av kandidatgener for bovintrekk fra det humane genkartet.

et viktig bidrag til komparativ genkartlegging er heterologt kromosomalt maleri eller zoologisk (ZOO)-FISKEMALERI. Solinas-Toldo og andre (1995 ), Hayes (1995 ) og Chowdhary og andre (1996) har «malt» storfe kromosomer med menneskelige kromosomspesifikke biblioteker for å avgrense segmenter av homologi. Disse studiene definerer grensene for kromosomal bevaring på» human on cattle » cytogenetisk nivå; og de er veldig konsistente, på tidspunktet for denne skrivingen, med resultatene av komparativ synteny kartlegging, som definerer» storfe på menneskelig » homologi. Som synteny kartlegging, adresserer de ikke bevaring av genordre i homologe segmenter.

Tilnærminger Som Brukes Til Å Utvikle Kartet

Synteny Mapping

«Synteny» betyr ganske enkelt » på samme streng «eller, i genetisk terminologi,» på samme kromosom.»Et synteny-kart er ikke noe mer enn en liste over gener som er kjent for å ligge på samme kromosom i en bestemt art. «Konservert synteny» ble brukt Av Nadeau (1989) for å beskrive plasseringen av 2 eller flere homologe gener på samme kromosom i forskjellige arter. Synteny bør ikke erstattes av «konservert synteny» i vår sammenligning av kart mellom arter. Synteny kartlegging er sannsynligvis forbundet med komparativ kartlegging fordi de eneste kartene tilgjengelig for sammenligning mellom de fleste dyrearter har hittil vært synteny kart.

Somatisk cellegenetikk er fortsatt den vanligste metoden for å bygge synteny kart. Hybrid somatiske celler kan bygges slik at kromosomene til praktisk talt alle stamfararter fortrinnsvis går tapt. Hver hybridklon vil beholde et delvis genom av den arten sammen med det komplette genomet av det andre som vanligvis er en transformert gnagercellelinje. Siden kromosomtap er mer eller mindre tilfeldig, vil hver klone beholde en annen delmengde av kromosomer fra arten som blir kartlagt. Som i human gene kartlegging, analyse av par av gener i et panel av hybrid cellelinjer vil avsløre concordance eller splid i deres oppbevaring. Konkordans av retensjon er bevis for plasseringen av 2 gener på samme kromosomer. Omvendt er uenighet om retensjon bevis for asynteny (deres plassering på forskjellige kromosomer). Genprodukter eller DNA-sekvenser kan kartlegges ved synteny-analyse i alle arter så lenge tilstedeværelsen eller fraværet av genet eller genproduktet til den målrettede arten kan fastslås mot den fullt beholdt gnagergenomiske bakgrunnen. Enzymelektroforese, Southern blotting med unike sekvensprober og polymerasekjedereaksjonsforsterkning med artsdiskriminerende primere har alle vært effektive analytiske verktøy for synteny kartlegging.

somatisk cellegenetikk resulterer vanligvis ikke i tildeling av markører til bestemte kromosomale steder eller til og med til kromosomale subregioner. Følgelig er gener på et synteny-kart vanligvis ikke bestilt. Somatiske cellemetoder som bruker omarrangerte kromosomer er et unntak fra denne generaliseringen og har blitt brukt svært effektivt for å bestille gener i det menneskelige kartet.

Strålingshybrid kartlegging ( Cox og andre 1990 ; Walter og andre 1994 ) har nylig blitt et viktig verktøy for å konstruere høyoppløselige kart over menneskelige kromosomer. Teknikkene som brukes er variasjoner av grunnleggende somatisk cellegenetikk der donorcellene har blitt bestrålt for å oppnå kromosomfragmentering. Statistisk analyse er basert på prinsippene for koblingsanalyse, det vil si større nærhet av 2 loci resulterer i mindre separasjon ved tilfeldig kromosomal omlegging. Først brukt Av Goss og Harris (1975 ), kan teknikken brukes med enkle kromosomhybrider som bestrålt donor ( Cox og andre 1990) eller med total genombestråling i en diploid donorcelle(Walter og andre 1994). Enten det brukes til å kartlegge et enkelt kromosom eller et helt genom, er teknologien effektiv for å konstruere sammenhengende kart over pattedyrskromosomer på et 500 kb oppløsningsnivå. Denne metoden kan vise seg å være den ideelle tilnærmingen til komparativ genkartlegging siden den gir et bestilt kart uten krav om segregerende polymorfier i avlspopulasjoner.

In Situ Hybridisering

Unike DNA-sekvenser, repeterende elementer og hele genomer har alle blitt effektivt lokalisert til kromosomale steder ved in situ hybridisering. Denne teknikken benytter vedlegget av en mikroskopisk detekterbar markør til EN DNA-sonde etterfulgt av hybridisering av sonden til denaturert DNA av et ellers intakt kromosom. Specificiteten av hybridisering bestemmes av sondens unikthet. Selv om radioaktive prober dominerte tidlig bruk av denne teknologien, fluorescerende prober er nå vanligvis brukt. I sin gjennomgang AV FISH bemerker Trask (1991 ) at Den har følgende fordeler over isotopisk merking: den gir overlegen romlig oppløsning, som vanligvis krever visualisering av færre merkede kromosomer; det er raskere; og sonden som brukes er generelt mer stabil. Sensitivitetene er like, hver krever noen få kilobase par uavbrutt sekvens som hybridiseringssonden. Ordninger er utviklet som tillater bruk av flere prober med forskjellige fargesignaler på samme kromosomer. Slik bruk er spesielt viktig for gen kartlegging fordi det gir potensial for bestilling loci innenfor oppløsning grensene for ca 100 kb.

Kosmider, eller kloningsvektorer som tar imot store DNA-sekvenser (opptil 45 kb), har blitt brukt effektivt som sonder FOR FISK. Siden disse store innsatsene ofte inneholder repeterende DNA, må mål-DNA først prehybridiseres med umerket totalt genomisk DNA. Denne metoden har blitt brukt effektivt til å forankre koblingskart til kromosomer ved å hybridisere kosmider som inneholder svært polymorfe markører som brukes i koblingskartlegging.

teknologiene beskrevet ovenfor resulterer i fysiske kart som representerer de fysiske relasjonene til loci til kromosomene de bor på. Høyere oppløsning fysiske kart med definerte markører i sammenhengende kloner (contig kart) er kommende i storfe, men vil mest sannsynlig spenner over små genomiske regioner av spesiell interesse i stedet for hele kromosomer som målrettet i human genome initiative og forutsetning for total genomsekvensering.

Koblingskartlegging

Koblingskart er definert i meiotiske snarere enn fysiske termer, med en kartenhet som representerer 1% rekombinasjon. Siden kobling er målbar bare i gametiske produkter, krever kobling kartlegging deteksjon av mors og fars alleler i gameter produsert av heterozygote individer; dermed er både polymorfisme og et stort antall avkom krav til kobling kartlegging. Kartet Over Barendse m.fl. (1997 ) resulterte i at /’rom markørskriving i 328 storfe avkom fra 15 full-sib familier varierer i størrelse fra 3 til 36. Familiene består av kryss av flere forskjellige raser og utgjør International Bovine Reference Family Panel (Ibrp). Kart Over Kappes og andre (1997 ) ble generert fra 180 avkom Fra Meat Animal Research Center (MARC) referansepopulasjon ( Bishop og andre, 1994 ), og kart Over Ma og andre (1996 ) kommer fra 9 faderlige halv-sib-familier kjent som Illinois Reference/Resource Families (IRRF), som inkluderer 459 avkom.

Markører for kartlegging er kategorisert som type i ELLER II Av O ‘ Brien (1992 ). Type i markører, som er uttrykt sekvenser (gener) vanligvis konservert fra 1 pattedyrarter til en annen, er favorisert for bruk i komparativ gen kartlegging. Dessverre er de vanligvis ikke svært polymorfe og er derfor vanskelige å innlemme i koblingskart. Type II markører er svært polymorfe anonyme sekvenser mer utbredt for kobling kartlegging. Markørene av valget for storfe kobling kartlegging har vært mikrosatellitter, som dominerer koblingen kartene omtalt ovenfor.

Vitenskapelige Bidrag Fra Kartet

et økende antall egenskaper av økonomisk betydning blir plassert på kart over bovint genom. Bovin leukocyttadhesjonsmangel (LAD 1) (Shuster og andre 1992; Threadgill og Womack 1991) og uridinmonofosfatsyntetasemangel (UMPS) har blitt kartlagt til bestemte steder på kromosom 1(Ryan og andre 1994; Schwenger og andre 1993). BoLA ble vist å være assosiert med følsomhet for leukemivirusinfeksjon(Lewin og andre 1988). Georges og andre (1993a) har funnet kobling av det pollede locus til mikrosatellitter på kromosom 1. Weaver-sykdommen kartlegger markører på kromosom 4 (Georges og andre 1993b) og har den ekstra interessen for å være assosiert med et kvantitativt trekk for forbedret melkeproduksjon. Variasjon rundt prolaktin genet på kromosom 23 (Cowan og andre 1990) er relatert til melkeproduksjon i noen holstein sire familier, Og Georges og andre (1995) har brukt kartlagte mikrosatellitter for å finne en ekstra 5 QTL for melkeproduksjon. Antallet ETL på cattle genome kartet vokser raskt, og minst 1 komplett suksesshistorie har dukket opp. Den muskulære hypertrofi (dobbel muskling) egenskapen ble kartlagt til mikrosatellittmarkører på kromosom 2 (Charlier and others 1995 ). Komparativ kandidatposisjonskloning foreslo myostatin som kandidatgen Til Grobet og andre (1997 ), som identifiserte en 11-bp-sletting som var ansvarlig for egenskapen i Belgisk blåfe.

et utmerket eksempel på en vellykket kandidat gen søk er At Av Shuster og andre (1992), som identifiserte den genetiske defekten ansvarlig FOR LAD i holstein storfe som en missense mutasjon koding aminosyre 128 I CDI8. Det ble da mulig å skille mellom mutant og normal alleler ved polymerasekjedereaksjonen, noe som gir den ideelle genetiske markøren for dette økonomiske trekkstedet.

Forventede Fremtidige Bidrag Fra Kartet

det store antallet kartlagte markører som finnes i storfe på tidspunktet for denne skrivingen gir omfattende genomdekning for kartlegging AV ETL i familier som segregerer egenskapene. Dessverre krever hver ETL vanligvis en unik segregerende familie, som generelt krever dyr utvikling og vedlikehold. Likevel er ressursfamiliene integrerte og nødvendige i den ultimate anvendelsen av genkartet til økonomisk forbedring. Kartleggingen AV ETL til regioner av et kromosom mellom 10 og 20 cM vil trolig bli etterfulgt av høyoppløselig kartlegging i et forsøk på å identifisere og klone de ansvarlige gener. Kromosomspesifikke biblioteker blir utviklet for å hjelpe denne prosessen. Dyreavlere bør ikke og sannsynligvis ikke være fornøyd med bare en tilnærming AV etl-markøravstand (for eksempel 10 cM).

det neste store trinnet, identifisering OG kloning AV ETL, er formidabelt. Høy tetthet kobling kart, mange kromosomale slettinger, og store sett inn contigs som har bidratt sterkt til posisjons kloning av menneskelig sykdom loci er rett og slett ikke tilgjengelig for dyr ETL kloning. Det er usannsynlig at denne mengden ressurser noen gang vil være tilgjengelig for storfe. Imidlertid er posisjonskloning av menneskelige gener raskt shilling mot posisjonskandidaten (Collins 1995 ) tilnærming, som avhenger mer av tilgjengeligheten av et basseng av uttrykte gener kartlagt til de samme kromosomale områdene som sykdomsgenet og mindre på å gå og hoppe fra en koblet markør. Hos storfe som hos mennesker vil 3-trinns prosessen for posisjonskandidatkloning av genet for et viktig trekk være (1) å lokalisere egenskapslokuset til et kromosomalt subregion, (2) å søke i tilgjengelige databaser for rimelige kandidatgener, og (3) å teste kandidatgener for variasjon korrelert med fenotype. Åpenbart er trinn 2 urealistisk hos storfe siden bare 400 av de ca. 70.000 gener har blitt tildelt kromosomer på tidspunktet for denne skrivingen. Dette trinnet var nesten like urealistisk hos mennesker til slutten av 1990-tallet, da flere internasjonale tiltak rettet mot storskala kartlegging av uttrykte sekvensmerker (ESTs 1 ). Suksessen til disse anstrengelsene antyder at de fleste av de menneskelige transkripsjonene sannsynligvis vil bli kartlagt i de neste årene (Collins 1995). Dermed kan nøkkelen til bovin etl kloning være gjennom komparative genomdatabaser som kan oversette et 10 cM bovint segment til sin menneskelige motpart og kan deretter søke etter menneskelige ESTs i segmentet med funksjoner som kan brukes på bovin fenotype.

man kan hypotese at med omtrent 20 potensielle kandidatgener per centimorgan, vil 200 gener eller ESTs utgjøre den totale kandidatpoolen. En slik komparativ posisjons kandidat kloning strategi gir håp for ETL kloning som ikke er tydelig med konvensjonelle strategier for kartbasert kloning av humane sykdomsgener. Denne strategien ble vellykket implementert i søket etter det doble musklingsgenet beskrevet ovenfor. Imidlertid vil systematisk bruk av humane EST-databaser for identifisering av dyregener som er ansvarlige for ETL, kreve komparative kart med større presisjon enn de som er tilgjengelige. Identifisering av grensene for konservert synteny er ikke tilstrekkelig. Vi må fortsette å identifisere de interne omarrangementene som har fulgt pattedyrs kromosomal evolusjon og har resultert i omplassering av genordre innenfor disse grensene for konservert synteny. En lovende tilnærming til bestilte komparative kart er mer utstrakt bruk av stråling hybrid kartlegging.

det er også viktig å begynne å kartlegge bovine transkripsjoner og kandidatgener for egenskaper lokalisert til bestemte genomiske regioner. Igjen vil paneler av strålingshybrider være kritiske for kartlegging av storfe Og for integrasjon med mikrosatellittmarkører fra koblingskartene.

Bruk Av Kart Og Tilgjengelighet

Kart over kveggenomet har vokst utenfor rammen av en enkelt illustrasjon. Disse dataene sammen med bildepresentasjoner er imidlertid tilgjengelige på flere Nettsteder (Tabell 1).

Tabell 1

Nettsider for databaser for kartlegging av storfe

Database . Adresse .
Us Bovine ArkDB http://bos.cvm.tamu.edu/bovarkdb.html
Dyr Genom Database, Japan http://ws4.niai.affrc.go.jp/jgbase.html
BovMap Database, INRA, Frankrike http://locus.jouy.inra.fr/cgi-bin/bovmap/intro.pl
Cattle Genome Database, SCIRO, Australia http://spinal.tag.csiro.au/
Restauranter I NÆRHETEN Av Meat Animal Research Center (MARC), USDA a http://sol.marc.usda.gov/
Illinois Referanse / Ressursfamilier (IRRF) http://cagst.animal.uiuc.edu/
Database . Adresse .
Us Bovine ArkDB http://bos.cvm.tamu.edu/bovarkdb.html
Dyr Genom Database, Japan http://ws4.niai.affrc.go.jp/jgbase.html
BovMap Database, INRA, Frankrike http://locus.jouy.inra.fr/cgi-bin/bovmap/intro.pl
Cattle Genome Database, SCIRO, Australia http://spinal.tag.csiro.au/
Restauranter I NÆRHETEN Av Meat Animal Research Center (MARC), USDA a http://sol.marc.usda.gov/
Illinois Referanse / Ressursfamilier (IRRF) http://cagst.animal.uiuc.edu/
a

USDA, Det Amerikanske Landbruksdepartementet.

Tabell 1

Nettsider for databaser for kartlegging av storfe

Database . Adresse .
Us Bovine ArkDB http://bos.cvm.tamu.edu/bovarkdb.html
Dyr Genom Database, Japan http://ws4.niai.affrc.go.jp/jgbase.html
BovMap Database, INRA, Frankrike http://locus.jouy.inra.fr/cgi-bin/bovmap/intro.pl
Cattle Genome Database, SCIRO, Australia http://spinal.tag.csiro.au/
Restauranter I NÆRHETEN Av Meat Animal Research Center (MARC), USDA a http://sol.marc.usda.gov/
Illinois Referanse / Ressursfamilier (IRRF) http://cagst.animal.uiuc.edu/
Database . Adresse .
Us Bovine ArkDB http://bos.cvm.tamu.edu/bovarkdb.html
Dyr Genom Database, Japan http://ws4.niai.affrc.go.jp/jgbase.html
BovMap Database, INRA, Frankrike http://locus.jouy.inra.fr/cgi-bin/bovmap/intro.pl
Cattle Genome Database, SCIRO, Australia http://spinal.tag.csiro.au/
Restauranter I NÆRHETEN Av Meat Animal Research Center (MARC), USDA a http://sol.marc.usda.gov/
Illinois Referanse / Ressursfamilier (IRRF) http://cagst.animal.uiuc.edu/
a

USDA, Det Amerikanske Landbruksdepartementet.

de 3 kobling kart omtalt i det foregående avsnitt med tittelen Current Map Status kan bli funnet på csiro, MARC, og IRRF nettsteder, henholdsvis. Sammendrag linkage kart genereres FRA NAGRP, Japan, Og INRA databaser. NAGRP-siden inneholder også» cow on human «og» human on cow » komparative kart med tilsvarende musedata.

Konklusjon

bovint genomkart inneholder et synteny-kart, et koblingskart og minst 1 in situ hybridisering for hvert kromosom. Mer enn 1400 markører er plassert på minst 3 publiserte koblingskart. Disse markørene blir nå brukt til å generere kart OVER ETL i et akselererende tempo. Spørsmålet om hvordan man identifiserer gener som er ansvarlige for kartlagt ETL hos storfe (og andre husdyrarter) er formidabel. En foreslått tilnærming er gjennom komparativ kandidatposisjonskloning, hvor kandidatgener fra menneske-og musekartene er hentet fra bovint komparativt kart. Det har blitt klart at identifisering av konservert synteni mellom arter er utilstrekkelig for komparativ kandidat posisjons kloning på grunn av de rike rearrangements av genet orden innenfor konserverte synteniske grupper. Pågående eksperimenter for å ytterligere løse genrekkefølge inkluderer en interspesifikk hybrid backcross og strålingshybrid somatisk celleanalyse.

Andersson
L

Haley
CS

Ellegren
H

Knott
SA

Johansson
M

Andersson
K

Andersson-Eklund
L

Edfors-Lilja
I

Fredholm
M

Hansson
I

Hakansson
j

Lundströ
K

.

1994

.

Genetisk kartlegging av kvantitative trekk loci for vekst og fedme hos griser

.

Vitenskap
236

:

1771

1774

.

Arruga
MV

Monteagudo
LV

Tejedor
MT

.

1992

.

Tildeling av to markører båret av menneskelig kromosom I til forskjellige storfe synteny grupper: FH TIL UI og PEPC TIL HI7 (kromosom 8)

.

Cytogenet Celle Genet
59

:

45

47

.

Barendse
W

Armitage
SM

Kossarek
LM

Shalom
A

Kirkpatrick
BW

Ryan
ER

Clayton
D

Li
L

Neibergs
HL

Zhang
N

Grosse
WM

Weiss
J

Creighton
P

McCarthy
F

Ron
M

Teale
AJ

Frites
R

McGraw
RA

Moore
SS

Georges
M

Soller
M

Womack
JE

Hetzel
DJS

.

1994

.

et genetisk koblingskart over bovint genom

.

Nat Genet
6

:

227

235

.

Barendse
W

Vaiman
D

Kemp
SJ

Sugimoto
Y

Armitage
SM

Williams
JL

Sol
HS

Eggen
A

Agaba
M

Aleyasin
SA

Bånd
M

Biskop
MD

Buitkamp
J

Byrne
K

Collins
F

Cooper
L

Kobber
W

Denys
B

Drikkevann
RD

Påskedag
K

Elduque
C

Ennis
S

Erhardt
G

Ferretti
L

Flavin
N

Gao
Q

Georges
M

Gurung
R

Harlicius
B

Hawkins
G

Hetzel
J

Hirano
T

Hulme
D

Jørgensen
C

Kessler
M

Kirkpatrick
BW

Konfortov
B

Høy Hastighet
Høy Hastighet

Kuhn
C

Lenktra
JA

Leveziel
H

Lewin
HA

Leyhe
B

Lil
L

Martin Burriel
jeg

McGraw
R.A

Miller
JR

Moody
DE

Moore
SS

Nakane
S

Nijman
IJ

Olsaker
I

Pomp
D

Rando
A

Ron
M

Shalom
A

Teale
AJ

Thieven
U

Urquhart
BGD

vage
DI

Av Weghe
A

Varvio
S

Velmala
R

Vilkki
J

Weikard
R

Woodside
C

Womack

Zanotti
M

Zaragoza
P

.

1997

.

et genetisk koblingskart med middels tetthet av bovint genom

.

Mamm Genom
8

:

21

28

.

Biskop
MD

Kappes
SM

Keele
JW

Stein
RT

Sunden
SLF

Hawkins
GA

Solinas Toldo
S

Frites
R

Grosz
MD

Yoo
J

Beattie
CW

.

1994

.

et genetisk koblingskart over storfe

.

Genetikk
136

:

619

639

Charlier
C

Coppieters
W

Farnir
F

Grobet
L

Leroy
PL

Michaux
C

Mni
M

Schwers
A

Vanmanshoven
P

Hanset
R

Georges
M

.

1995

.

mh-genet forårsaker dobbeltmuskling i storfekart til bovint kromosom 2

.

Mamm Genom
6

:

788

792

.

Chowdhary
BP

Frö
L

Gustavsson
I

Scherthan
H

.

1996

.

Komparativ analyse av storfe og menneskelige genomer: Påvisning av ZOOFISK og genkartleggingsbaserte kromosomale homologier

.

Mamm Genom
7

:

297

302

.

COGNOSAG .

.

1995

.

Reviderte retningslinjer for gennomenklatur i drøvtyggere 1993

.

Genet Sel Evol
27

:

89

93

.

Collins
FS

.

1995

.

Posisjonskloning beveger seg fra perditional til tradisjonell

.

Nat Genet
9

:

347

350

.

Cowan
CM

Dentin
MR

Ax
RL

Schuler
LA

.

1990

.

Strukturell variasjon rundt prolaktin-genet knyttet til kvantitative egenskaper i en elite holstein sire-familie

.

Theor Appl Genet
79

:

577

582

.

Cox
DR

Burmeister
M

Pris
ER

Kim
S

Myers
RM

.

1990

.

Strålingshybrid kartlegging: en somatisk cellegenetisk metode for å konstruere høyoppløselige kart over pattedyrskromosomer

.

Vitenskap
250

:

245

250

.

Felius
M

.

1985

.

Genus Bos: Storfe raser av verden.
Rahway NJ

:

Merck Sharp & Dohme-AGVET, Divisjon Av Merck og Co

.

Frites
R

Eggen
A

Womack
JE

.

1993

.

kart over bovint genom

.

Mamm Genom
4

:

405

428

.

Gallagher
DS

Jr

Trådgill
DW

Ryan
ER

Womack
JE

Irwin
DM

.

1993

.

Fysisk kartlegging av lysozymgenfamilien hos storfe

.

Mamm Genom
4

:

368

373

.

Gao
Q

Womack
JE

.

1997

.

et genetisk kart over bovint kromosom 7 med et interspesifikt hybrid backcross panel

.

Mamm Genom
8

:

258

261

.

Georges
M

Drikkevann
R

Konge
T

Mishra
A

Moore
SS

Nielsen
D

Sargeant
LS

Sørensen
A

Steele
MR

Zhao
X

Womack
JE

Hetzel
J

.

1993

.

Mikrosatellitt kartlegging av et gen som påvirker hornutvikling i Boks taurus

.

Nat Genet
4

:

206

210

.

Georges
M

Lantrop
M

Dietz
AB

Mishra
A

Nielsen
D

Sargeant
L

Sørensen
A

Steele
MR

Zhao
X

Leipold
H

Womack
JE

.

1993

.

Mikrosatellitt kartlegging av genet som forårsaker weaver sykdom hos storfe vil tillate studiet av en tilhørende kvantitativ egenskap locus

.

Proc Natl Acad Sci Usa
90

:

1058

1062

.

Georges
M

Nielsen
D

Mackinnon
M

Mishra
A

Okimoto
R

Pasquino

Sargeant
LS

Sørensen
A

Steele
MR

Zhao
X

Womack
JE

Hoeschelel
I

.

1995

.

Kartlegging kvantitativ egenskap loci kontrollere melkeproduksjon i melkekyr ved å utnytte avkom testing

.

Genetikk
139

:

907

920

.

Goss
SJ

Harris
H

.

1975

.

Ny metode for kartlegging av gener i humane kromosomer

.

Natur
255

:

680

684

.

Grobet
L

Martin
LJR

Poncelet
D

Pirottin
D

Brouwers
B

Riquet
J

Schoeberlein
A

Dunnet
S

Menissier
F

Massabanda
J

Frites
R

Hanset
R

Georges
M

.

1997

.

en delesjon i myostatingenet hos storfe forårsaker den dobbeltmuskulære fenotypen hos storfe

.

Nat Genet
17

:

71

74

.

Hayes
H

.

1995

.

Kromosommaleri med humane kromosomspesifikke DNA-biblioteker avslører omfanget og fordelingen av konserverte segmenter i bovine kromosomer

.

Cytogenet Celle Genet
71

:

168

174

Iannuzzi
L

Di Meo
G. P

Gallagher
DS

Ryan
ER

Ferrara
L

Womack
JE

.

1993

.

Kromosomal lokalisering av omega og trofoblast interferon gener i geit og sau ved fluorescerende in situ hybridisering

.

J Hered
84

:

301

304

.

Kappes
SM

Keele
JW

Stein
RT

McGraw
RA

Sonstegard
TS

Smith
TPL

Lopez-Corrales
NL

Beattie
CW

.

1997

.

et andre generasjons koblingskart over bovint genom

.

Genom Res
235
249

.

Lander
ES

Botstein
D

.

1989

.

Kartlegging Av Mendelske faktorer som ligger til grunn for kvantitative trekk ved HJELP AV rflp-koblingskart

.

Genetikk
121

:

185

199

.

Lewin
HA

Wu
M-C

Stewart
JA

Nolan
TJ

.

1988

.

Sammenheng mellom BolLA og subklinisk bovin leukemi virus infeksjon i en flokk av holstein-friesian kyr

.

Immunologi
27

:

338

344

.

Ma
RZ

Beever
JE

Da
Y

Grønn
CA

Russ
I

Park
C

Heyen
DW

Everts
RE

Fisher
SR

Overton
KM

Teale
AJ

Kemp
SJ

Hines
HC

Gué
G

Lewin
HA

.

1996

.

et mannlig koblingskart over storfe (Boks taurus) genom

.

J Hered
87

:

261

271

.

Nadeau
JH

.

1989

.

Kart over kobling og synteny homologier mellom mus og mann

.

Trender Genet
5

:

82

86

.

O ‘ Brien
SJ

.

1992

.

Kartlegging Av Pattedyrgenom: Leksjoner og prospekter

.

Currr Opin Genet Dev
1

:

105

111

.

O ‘ Brien
SJ

Womack
JE

Lyons
LA

Moore
KJ

Jenkins
NA

Copeland
NG

.

1993

.

Forankret referanse loci for komparativ genom kartlegging i pattedyr

.

Nat Genet
3

:

103

112

.

Paterson
AH

Lander
ES

Hewitt
JD

Peterson
S

Lincoln
SE

Tanksley
SD

.

1989

.

Oppløsning av kvantitative trekk i Mendelske faktorer ved å bruke komplett koblingskart over restriksjonsfragmentlengdepolymorfismer

.

Natur
335

:

721

726

.

Popescu
CP

Lang
S

Riggs
P

Womack
J

Schmutz
S

Frites
R

Gallagher
DS

(Koordinator)

.

1996

.

Standardisering av storfe karyotype nomenklatur: Rapport Fra Komiteen For Standardisering Av Storfe Karyotype

.

Cytogenet Celle Genet
74

:

259

261

.

Riggs
PK

Owens
KE

Rexroad
CE

III

Amaral
MEJ

Womack
JE

.

1997

.

Utvikling og innledende karakterisering av En Boks taurus X B. gaurus interspecific hybrid backcross panel

.

J Hered
88

:

373

379

.

Ryan
ER

Gallagher
DS

Jr

Schö
S

Schwenger
B

Womack
JE

.

1994

.

somatisk cellekartlegging og in situ lokalisering av bovint uridinmonofosfatsyntasegenet (UMPS)

.

Mamm Genom
5

:

46

47

.

Schwenger
B

Schö
S

Simon
D

.

1993

.

DUMPER storfe bærer en punktmutasjon i uridinmonofosfatsyntasegenet

.

Genomikk
16

:

241

44

.

Shuster
DE

Kehrli
ME

Jr

Ackermann
MR

Gilbert
RO

.

1992

.

Identifisering og prevalens av en genetisk defekt som forårsaker leukocyttadhesjonsmangel hos holstein-storfe

.

Proc Natl Acad Sci Usa
89

:

9225

9929

.

Smith
C

Simpson
SP

.

1986

.

bruk av genetisk polymorfisme i husdyr forbedring

.

J Anim Rasen Genet
103

:

205

217

.

Solinas-Toldo
S

Frites
R

Steffen
P

Neibergs
HL

Barendse
W

Womack
JE

Hetzel
DJS

Stranzinger
G

.

1993

.

Fysisk kartlagt, cosmid-de-rived mikrosatellitt markører som anker loci på bovine kromosomer

.

Mamm Genom
4

:

720

727

.

Solinas-Toldo
S

Lengauer
C

Frites
R

.

1995

.

Sammenlignende genomisk kart over menneske og storfe

.

Genomikk
27

:

489

496

.

Soller
M

Beckmann
JS

.

1982

.

Restriksjonsfragment lengde polymorfismer og genetisk forbedring.
Proc av 2. Verdenskongress Om Genetikk Anvendt På Husdyrproduksjon, Madrid, 4. -8. oktober 1982.
Vol. 6

s

396

404

.

Trådgill
DW

Womack
JE

.

1991

.

Synteny kartlegging av menneskelig kromosom 8 loci i storfe

.

Anim Genet
22

:

117

122

.

Trask
BJ

.

1991

.

Fluorescens in situ hybridisering

.

Trender Genet
7

:

150

154

.

Walter
MA

SPILL
DJ

Thomas
P

Weissenbach
J

Goodfellow
PN

.

1994

.

en metode for å konstruere strålingshybrid kart over hele genomer

.

Nat Genet
7

:

22

28

.

Weller
JL

Kashi
Y

Soller
M

.

1990

.

Kraft av datter og barnebarn design for å bestemme sammenhengen mellom markør loci og kvantitative trekk loci i melkekyr

.

J Meieri Sci
73

:

2525

2537

.

Womack
JE

Kata
SR

.

1995

.

kartlegging Av Bovint genom: Evolusjonær referanse og kraften i komparativ genomikk

.

Currr Opin Genet Dev
5

:

725

733

.

Womack
JE

Moll
YD

.

1986

.

et genkart over kua: Bevaring av kobling med mus og mann

.

J Hered
77

:

2
7

.

Yang
Y

Womack
JE

.

1997

.

Konstruksjon av et bovint kromosom 19-kart med en interspecies hybrid backcross

.

Mamm Genom
8

:

262

266

.

1

Forkortelser som brukes i denne artikkelen: EST, uttrykt sekvens tag; etl, økonomisk egenskap loci; FISK, fluorescens in situ hybridisering; LAD, leukocyttadhesjonsmangel; MAS, markørassistert utvalg; QTL, kvantitativ egenskap loci.

Articles

Legg igjen en kommentar

Din e-postadresse vil ikke bli publisert.